Принцип работы сканеров с использованием CCD(ПЗС)-матрицы представлен на рисунке справа. Сканируемый оригинал освещается источником света (компания Epson использует более экологичную и экономную линейку светодиодов, более подробно см. Epson ReadyScan LED). Отраженный свет, пройдя через систему зеркал и линз, попадает на светочувствительную CCD-матрицу. Светочувствительные элементы матрицы расположены в три ряда. Каждый ряд имеет свой светофильтр (красный, синий и зеленый), и воспринимает свою составляющую цвета.

Принцип работы сканеров с использованием CIS-матрицы представлен на рисунке слева. Оригинал последовательно освещается тремя рядами светодиодов (красным, зеленым и синим). Отраженный свет попадает на светочувствительные сенсоры без промежуточной системы зеркал и линз. При этом ряд сенсоров располагается максимально близко к сканируемой поверхности, чтобы улучшить качество отсканированного изображения.